Za koordynację kontroli zarządczej w MSZ odpowiada Wydział Zarządzania Projektami i Rozwoju Instytucjonalnego Biura Dyrektora Generalnego.

Kontrolę zarządczą stanowi ogół działań podejmowanych dla zapewnienia realizacji celów i zadań Ministra SZ w sposób zgodny z prawem, efektywny, oszczędny i terminowy.

Celem kontroli zarządczej jest zapewnienie w szczególności:
1) zgodności działania z przepisami prawa oraz procedurami wewnętrznymi;
2) skuteczności i efektywności działania;
3) wiarygodności sprawozdań;
4) ochrony zasobów;
5) przestrzegania i promowania zasad etycznego postępowania;
6) efektywności i skuteczności przepływu informacji;
7) zarządzania ryzykiem.

Problematyka kontroli zarządczej w Ministerstwie uregulowana została Zarządzeniem Ministra Spraw Zagranicznych nr 19 z dnia 28 czerwca 2017 r.